（一）重大项目研究
近年来，神农架国家公园科学研究院先后主持或参与国家科技支撑计划、“963”计划、国家重大专项计划、湖北省技术创新专项（重大项目）、湖北省自然科学基金等国家、省级科研项目、计划20余项，其中主持国家科技支撑计划2项、湖北省重大专项计划2项、中央引导地方科技发展计划1项，湖北省科技计划9项；参与国家科技支撑计划、国家重大专项、“963”计划、“873”计划各1项，累计获得科研经费资助5000余万元。
目前正在实施的项目课题有国家科技重大专项、湖北省科技重大专项、湖北省科普专项等计划项目6项。
（二）实验室开放性课题研究
神农架金丝猴保育生物学湖北省重点实验室是我国国家公园体制试点区中第一家省级重点实验室，省级实验室是科研攻关合作的重要平台。神农架国家公园科学研究院充分利用省级重点实验室的平台效应，每年面向全国大专院校、科研研究公开征集实验室开放课题。自创新以来，依托单位共投入300余万元征集和设立了38个实验室开放课题，平均每年约5个。研究内容涉及神农架国家公园生态保护的各个方面，以解决国家公园切实问题为基准，全面进行技术创新及突破。历年来共吸引了中科院动物所、华中师范大学等20余所科研机构的科研人员开展合作研究，提高了神农架国家公园科技创新水平，培养了本土科技人才，取得了一系列科研成果。
（三）本底资源调查项目
2022年下半年，设置神农架国家公园本底资源综合调查项目，编制《神农架国家公园资源本底调查实施方案》，组织专家进行论证，调查范围涵盖周边保护地，面积2300平方公里，设立高等植物、维管束植物和等15个专题。遴选中科院微生物研究所、中科院动物所等16个全国同行顶级团队承担相关专题研究。2023年初召开了项目启动会，全面启动16个专题外业调查工作。
